從出生開始，無論健康或生病，一直在腸內陪著我們的就是「腸內細菌」。它們是住在腸子內的細菌，多數是住在大腸裡。種類超過1000種，數量多達1000兆個，重量約為1.5公斤左右。腸內的細菌是人體細胞60兆個的15倍以上，如此龐大的量令人驚訝也感到神祕。
近來的研究指出，腸內細菌的平衡與作用，保持我們的健康，反之則會生病。超過一千種的腸內細菌，概分為「益菌」、「害菌」、「中間菌」三類。
對人體有用、有益的腸內細菌稱為益菌，出現有害作用的是害菌，無法斷定好壞的叫中間菌。
益菌有助消化、吸收，提高免疫力、增加抗病力的細菌。除了會製造促進身體代謝活動的維生素B群，還有維生素K、維生素M（葉酸）、胺基酸、短鏈脂肪酸等。喜歡的東西是含有寡糖或乳酸菌的物質、膳食纖維。如：比菲德氏菌、乳酸菌。
害菌易引起發炎，容易產生臭氣或糞便，形成口臭或體臭的原因，甚至會製造致癌性物質的細菌。喜歡的東西是，動物性蛋白質、氧化的物質、垃圾食物、宿主的壓力。如：產氣莢膜梭菌、大腸桿菌（的有毒株）、葡萄球菌。
中間菌是沒有好壞之分的細菌。益菌處於優勢時，它們很乖，害菌處於優勢時，可能會產生有害的作用，健康成人的腸內最多的就是這種菌。如：擬桿菌、大腸桿菌（的無毒株）。腸內細菌的理想比例，成人的話是益菌２：害菌１：中間菌７這是最佳狀態。即使害菌占一成，對腸內也不會造成多大問題。當然，腸內有害菌會變成積存廢物的身體。可是把害菌通通清除，問題未必就解決了。關於腸內細菌的作用，目前仍在研究中的階段，許多地方尚未釐清。目前已知的是，只要別讓害菌作亂，保持益菌優勢的狀態，就算腸內有害菌還是能維持健康。
益菌多於害菌時，中間菌會乖乖做自己的事，不會變成害菌的手下。害菌也被益菌的作用牽制，使腸內環境保持良好穩定。只要腸內有兩成益菌，中間菌就不會叛變成害菌，也能制止害菌的活動變得活躍。
腸內益菌的勢力在出生後一週左右達到巔峰，自斷奶時期開始下降至與成人差不多的兩成。之後如果什麼都不做，就會隨著年齡慢慢減少。不想想辦法就會變成積存廢物的身體。
進行腸道按摩或不積存廢物的飲食、生活習慣，益菌減少的幅度會趨緩，能夠保持腸內有兩成的益菌。
反之，如果一直吃害菌喜歡的垃圾食物或超商食物、高脂肪、高蛋白、低膳食纖維的食物等，再加上運動不足或壓力，兩成益菌的和平時代很快就會終止，變成害菌的天下(容易生病）。
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